如此小心谨慎之下，舰队的行军速度自然慢了下来，但也化解了不少危机。被打残的元军水师已成惊弓之鸟，早就远远逃遁，但仍有不少悍勇之徒仍然驾了纵火船甚至爆破船，埋伏在隐蔽河湖汊地带，试图伏击霹雳军的战舰。这些偷袭的船只多数在远处便被击沉或被引爆，少数冲近的也被霹雳军的梭镖鱼型快船拦截。三日之后，霹雳军战舰对真州和镇江进行了炮击，而夏大根也完成了对扬州城的攻城准备。焦山距三地并不远，如果全速前进战舰当日之内便可赶到，之所以三日后才动手，是因为霹雳军给了真州和镇江守军三日投降之限，而在扬州城则是等侯李庭芝和姜才的淮东军到来。
自东晋衣冠南渡以来，扬州便愈发繁荣，有“扬一益二”之说，隋唐以来更成为天下首屈一指的大城，世人用“烟花扬州”来形容其兴盛。霹雳军崛起之后崇庆府繁荣日盛，人口增长甚快，在霹雳军十五年初已近五十万人，颇有盛唐时气象，却仍比不过扬州城。蒙元大军自汉入江后，扬州居民大批渡江南逃，还有不少人逃到霹雳军治下的流求、济州、琼州等地。眼下的扬州城虽然人口已不到十万人，但从巍峨高大城楼和长达数十里的城墙，便可看出其昔日的繁华。鉴于兵力不足，也因为不想麾下水兵伤亡过多，夏大根派人联系了宋淮东制置使李庭芝及其副将姜才，提议一南一北共攻扬州城。
此刻的李庭芝已身患重病，躺在床上的他一口否决了联手攻城的提议。虽然临安政权面临的局势危如累卵，但李庭芝仍不同意与霹雳军联手。表面的原因是元军势大，不可妄动。元军渡江之后，朝廷要求各地军马到临安勤王，李庭芝对此积极响应，并率数万人马南下，后被阻于扬州城北方的扬子桥。数场大战之后，李庭芝部已是人困马乏，被元军钳制得动弹不得。不久前张世杰进攻焦山时，也曾约定大江南北的宋军联手，结果南边宋军爽约未至，李庭芝遣姜才率万余精锐参战，却被阿术打得大败。在李庭芝看来，夏大根麾下的水军虽强 ，但人数不多又不擅陆战。要知道扬州城高墙厚，又有二万余守军，还可以动员数万民壮守城。
除了对元军心生畏惧之外，李庭芝不愿出兵的真正原因还有两个。第一个是他瞧不起霹雳军，在他眼中霹雳军不过是混杂着西南夷的民间武装而已，堂堂朝廷官军怎么能充当配角？他宁愿看到霹雳军在扬州城下碰到头破血流。否则在元军面前屡战败的朝廷大军还有何颜面？戎马征战一生的自己真还不如一个夏大根这个黄口小儿？另一个则是他深知临安朝廷对霹雳军的态度，怕与霹雳军联手被人攻讦，怕有损名节。实际上，早在几年前霹雳军总参谋长曾勇便派人联系过他与姜才，提议共同抗蒙，却被其一口回绝了，原因也是一样。姜才对霹雳军心有好感，无奈李庭芝不松口，他也无可奈何，只得请信使转告夏大根其苦衷。
李庭芝不同意出兵，夏大根决定独力攻城。从稳妥角度来说，最好是等待舰队陆战团到来，但运输陆战团的船只还需十日以上才能到达，夏大根不想等。其实舰队也可以不打扬州城径直往上游而去，但这意味着兵力的进一步分散。资州号、籍县号等战舰由于受损严重，被迫停靠在北岸，如果主力舰队离开，将不得不留下重兵守护，否则扬州城元军会来抢夺和破坏战舰。夺下扬州城，还可以利用其船厂修理这些受损的战舰。再三思量之下，夏大根决定拿下扬州城。为此他抽调了二千水兵上岸，又将资州号和籍县号的重炮拆下来，运到了扬州城南门外。
夏大根亲率水兵从陆上攻打南门，舰队的十余艘轻护船则从河上对东门发动了攻击。霎时间，扬州城上硝烟弥漫火光闪烁，颇似一场烟花盛典。在资州号和籍县号的数十门重型舰炮的轰击之下，扬州南门的厚重包铁城门轰然倒塌，吊桥粗大的铁链也被打断，重重地砸落在护城河上，省却了霹雳军士兵搭建浮桥的麻烦。城门楼和城墙上的守军士兵也在猛烈的炮火中，仆倒了一地，剩下皆夺路而逃。攻打东门的轻护船只装备了轻型炮和中型炮，其威力比重炮小了不下，但架不住数量多，还有大量的水冷重机枪。火力覆盖之下，元军在东门的死伤甚至还超过南门。几轮火炮之后，扬州城的元军大部分投降了——他们在数月前还是宋军，现在投降霹雳军毫无心理压力。有二千余元军则往西边夺路而逃，他们大多是蒙古汉军，只有少数新附军。
据降兵交待，焦山惨败之后，阿术便带了蒙古骑兵往北而去，又带走了城中三千精锐。临行前他告诉守军坚守，自己去调集援军。扬州城墙高厚也不缺粮食，但焦山一战的消息已让守军胆寒，如今阿术再弃城而走，守军更加人心惶惶。畏于重炮威力，又见城门已破，守军便索性降了。在南渡之前，元军料到霹雳军舰队可能会出动，但判断其方向是在沿海地带，根本没有想到会出现在相对狭窄的内水。阿术更没有料到董文炳所率的十万水军会失败，也没有料到焦山之战败得如此之惨，如此之快。故他在扬州的城防并没有太上心，更没有构筑土木防炮工事。
真州和镇江的元军也在猛烈的舰炮火力下，弃城逃跑了。镇江城的元军往南而逃，真州城的元军则往西而逃。对此霹雳军也无可奈何，毕竟战舰不能上岸，也无兵力追击敌人。同样因为兵力原因，东海舰队也没有上岸接管城池，而是派人让城中百姓组织义军自行管理。这两城之中虽有霹雳军的暗探，但现在还不是表明身份的时候，因为元军还可能反扑进攻。按照计划，夏大根将率东海舰队继续溯水而上，在夺取建康之后，再前往鄂州和岳州，彻底歼灭元军的水师，控制建康至峡州的长江航道，以切断元军经汉水北返的道路。至于建康、扬州至出海口的航道，则由南海舰队前来接管。
此时的南海舰队官兵，在乐全安率领着忙得不亦乐乎。他们兵分三路，第一路在收缴澉浦周围堆积如山的物资和元军遗留的大批船只。董文炳身死，其麾下十万元军四处逃散，南海舰队费了九牛二虎之力，也只抓了一万余俘虏和二万民夫。第二路前去夺取舟山岛，将其作为海军作战的后勤基地和扼守江南富庶之地的前哨。流求运来的弹药和缴获物资及俘虏都将运往这里，再进行转运。第三路则是继续封锁逃到钱塘江的元军战船，并清剿临安周边五百里内海岛上的元军和海盗。